دمرت الحرب في السودان عشرات المستشفيات الحكومية والخاصة، وبحسب وزارة الصحة بولاية الخرطوم فإن 29 مستشفىً حكومياً، و45 مستشفىً خاصا، خرجت عن الخدمة بسبب الحرب.